W marcu 1807 r., w okresie Księstwa Warszawskiego, został wyznaczony do rewizji aktów hipotecznych w departamencie bydgoskim. 25 marca tego roku został konsyliarzem Sądu Apelacyjnego departamentu bydgoskiego i jego wiceprezesem, a później prezesem oraz egzaminatorem w Korpusie kadetów. Jako prezes klubu towarzystwa rozrywkowego „Harmonia” miał poważny zatarg z prefektem departamentu bydgoskiego Antonim Gliszczyńskim, który rozwiązał klub pod zarzutem nielojalności politycznej członków.
Dobrami swoimi administrował przy pomocy plenipotentów. Pozostawił legat na utrzymanie w Bukowcu chirurga i przytułku dla bezpłatnego leczenia ubogiej ludności. Zmarł 3 października 1810 r. w rodzinnym Bukowcu.
Rodzina Józef Hutten-Czapski był żonaty z Marianną Kornelią z Pławińskich herbu Junosza (ur. ok. 1770). Miał z nią syna, Józefa Napoleona.