II wojna światowa Sezon 1939 miał być nowym początkiem. Lechia, świeżo po historycznym awansie do klasy A, miała zainaugurować rozgrywki 3 września 1939 roku w Tomaszowie Mazowieckim meczem z ŁKS Łódź. Spotkanie to jednak nigdy się nie odbyło – dwa dni wcześniej hitlerowskie Niemcy napadły na Polskę, rozpoczynając II wojnę światową. Marzenia o sportowej rywalizacji i dalszym rozwoju zostały brutalnie przerwane.
Wojna natychmiastowo sparaliżowała działalność klubu. Marzenia o dalszym rozwoju zostały zniszczone. Lechia poniosła olbrzymie straty — zarówno wśród zawodników, jak i działaczy oraz kibiców. Szczególnie tragiczny epizod dotyczył Georga Beottiga, byłego zawodnika Lechii, który w kwietniu 1939 roku zbiegł do III Rzeszy, a później jako funkcjonariusz niemiecki wrócił do Tomaszowa. Beottig zdradził swoich dawnych kolegów — wyłapywał ich, katował i mordował.
Wielu lechistów zaangażowało się w działalność konspiracyjną. Do Polskiego Związku Powstańczego należeli m.in. Zenon Gorzelak i Julian Rychter. Działacze tacy jak Jan Michalak, Marian Gadaj, Stanisław Cichosz, Marian Kuczera, Wacław Marasek, Zygmunt Michalski i Czesław Moruś wstępowali do oddziałów mjr. Henryka Dobrzańskiego „Hubala”.