Po święceniach został wikariuszem parafii Nawrócenia św. Pawła w Lublinie (1891-1892), parafii katedralnej (1892-1895, 1906-1908), był rektorem kościoła św. Stanisława (1896-1906). Od 1892 do 1908 prowadził wykłady z Pisma Świętego, katechetyki, kaznodziejstwa, teologii moralnej i prawa kanonicznego w lubelskim seminarium duchownym.
Praca W pracy duszpasterskiej bardzo często spotykał się z moralną i materialną nędzą, bezrobociem i zacofaniem. Ludzi żyjących w nędzy i zagubionych moralnie ks. Kłopotowski otaczał szczególną troską. Zainicjował liczne dzieła charytatywno-społeczne. Stworzył Dom Zarobkowy w Lublinie (1893), w którym bezdomni pracowali w wielu warsztatach, zarabiając na utrzymanie i mieszkanie. Założył szkołę rzemieślniczą, Przytułek św. Antoniego dla moralnie upadłych kobiet (1896), sierocińce w Lublinie, w Jacku k. Lubartowa i w Opolu Lubelskim oraz domy dla starców na Sierakowszczyźnie i Wiktorynie. Jako rektor kościoła św. Stanisława udzielał pomocy prześladowanym unitom. Był też inicjatorem założenia w podlubelskich wsiach sieci szkół wiejskich przy pomocy Zgromadzenia Sióstr Służek Niepokalanej z Mariówki, za co spotkały go represje ze strony władz rosyjskich.