Transept Ramię północne: wczesnobarokowy ołtarz z obrazem przedstawiającym Matkę Boską i śś. Annę i Joachima; nagrobek Rohozińskich i Michałowskich z posągiem Ecce homo (autor: Marceli Guyski); Ramię południowe: ołtarz św. Stanisława Kostki (z obrazem z I poł. XVII w. przedstawiającym świętego); pomnik rodziny Bartschów z 1827 roku; posąg Maurycego Poniatowskiego (autor: Wiktor Brodzki) statua Maurycego Drużbackiego (autor: Antoni Madeyski, 1912) epitafium rodziny Branickich (projektu Kacpra Bażanki, 1720–1727)
Nawy boczne Nawa boczna północna składa się z kaplic: Męki Pańskiej, Matki Boskiej Loretańskiej, św. Ignacego Loyoli.
Nawa boczna południowa składa się z kaplic: Wieczerzy Pańskiej, Michała Archanioła, Trójcy Świętej.
W kaplicy Wieczerzy Pańskiej znajduje się nagrobek Brzechffów (projekt: Kacper Bażanka, 1716)
Oświetlenie wnętrza zostało podporządkowane teatralizacji sprawowania liturgii w baroku: światło miało skupiać się na księdzu odprawiającym mszę świętą, a boczne filary wspierające kopułę miały stwarzać wrażenie kulis teatralnych.
W 1638 roku przy kościele Jezuici założyli największą w ówczesnej Polsce kapelę muzyczną. Śpiewało w niej od 80 do 100 osób.
Krypty W podziemiach kościoła pochowani są: ks. Piotr Skarga, biskup Andrzej Trzebicki oraz Witold Szeliga Bieliński.