Zmarł 11 marca 2010 o godz. 1:16 w nocy w krakowskim klasztorze oo. Dominikanów przy ul. Stolarskiej. Jego ostatnie słowa brzmiały: „Wesele przygotowane. Oblubieniec nadchodzi. Idę tańczyć.”. Postanowieniem prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego z 12 marca 2010 został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski „za wybitne zasługi dla niepodległości Rzeczypospolitej Polskiej, za osiągnięcia w pracy naukowej oraz działalność duszpasterską w środowisku akademickim”.. Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie 15 marca 2010.
Twórczość thumb|upright|Autograf o. Joachima w książce Boskie oko, czyli po co człowiekowi religia (Wydawnictwo Literackie 2003) Boskie oko, czyli po co człowiekowi religia. Z o. Joachimem Badenim i o. Janem Andrzejem Kłoczowskim rozmawiają Artur Sporniak i Jan Strzałka, Kraków: Wydawnictwo Literackie, 2003, . Autobiografia.