Przebieg choroby Nieleczone infekcyjne zapalenie wsierdzia kończy się śmiercią. Główne przyczyny zgonu to niewydolność serca i udar mózgu. Przebieg zależy głównie od rodzaju zajętej zastawki (naturalna czy sztuczna), czynnika etiologicznego i ew. od czasu, który upłynął od zabiegu. Przebieg kolejnego epizodu choroby lub nawrotu (zwykle w ciągu pierwszych dwóch miesięcy, najczęściej związane z dożylnym przyjmowaniem narkotyków) jest znacznie gorszy.
Powikłania Incydenty zatorowe – najczęściej u chorych z ruchomymi i dużymi wegetacjami lub zlokalizowanymi na przednim płatku zastawki mitralnej; prawidłowe leczenie znacznie zmniejsza ryzyko incydentu zatorowego, ale nie obejmuje standardowo leczenia przeciwzakrzepowego; zator tętnicy wieńcowej może być przyczyną manifestacji choroby niedokrwiennej serca, zator naczyń mózgowych może być przyczyną udaru mózgu. Powikłania płucne: zatorowość płucna, zapalenie płuc, gorączka utrzymująca się przez ponad 3 tygodnie mimo odpowiedniego leczenia może wskazywać na ropień płuca. Ostra niedomykalność zastawki – ciężka niedomykalność zastawki aortalnej lub mitralnej wymaga pilnej interwencji operacyjnej. Zapalenie mięśnia sercowego – znacząco pogarsza rokowanie;