Port Lotniczy Bydgoszcz S.A. otrzymał 11.05.2007 r. z rąk Prezesa Urzędu Lotnictwa Cywilnego, Pana Grzegorza Kruszyńskiego, certyfikat lotniska użytku publicznego upoważniający do zarządzania lotniskiem w rozumieniu Ustawy Prawo Lotnicze z 2002 r. Certyfikat ten wydaje się z orzeczenia ULC dla lotniska, które spełnia wszystkie wymogi bezpieczeństwa potwierdzone przez audyt certyfikacyjny przeprowadzony przez zespół certyfikacyjny Urzędu Lotnictwa Cywilnego. Proces certyfikacji, który miał miejsce w Porcie Lotniczym Bydgoszcz S.A., jest sprawdzianem trwałej zdolności lotniska do bezpiecznego wykonywania działalności w myśl nieobowiązującego już Rozporządzenia Ministra Infrastruktury z dnia 6 maja 2003 w sprawie certyfikacji działalności w lotnictwie cywilnym oraz Ustawy Prawo lotnicze.
13 marca 2015 zostało zamknięte ostatnie stałe połączenie krajowe Bydgoszcz - Warszawa, mimo wysokiego zainteresowania tym połączeniem.
Połączenia lotnicze Kierunki rozkładowe (Sezon letni 29.04.2023 - 28.10.2023):
Londyn-Stansted (Ryanair) 3x w tygodniu
Londyn-Luton (Ryanair) 3x w tygodniu Dublin (Ryanair) 2x w tygodniu Birmingham (Ryanair) 3 x w tygodniu Bristol (Ryanair) 2x w tygodniu
Warszawa (LOT) 6x w tygodniu Kraków (LOT) 2x w tygodniu (Od 16 czerwca 2023)