W NSZ już na początku wykrystalizowały się dwie frakcje: „jastrzębie”, czyli politycy wywodzący się z Grupy „Szańca” oraz „gołębie”, czyli secesjoniści ze Stronnictwa Narodowego. Dzieliła ich ideologiczna przepaść. „Jastrzębie” byli zwolennikami zaprowadzenia w Polsce reżimu totalitarnego i bezkompromisowymi przeciwnikami potępianego przez nich za „liberalny, demokratyczny i socjalistyczny charakter” Polskiego Państwa Podziemnego. Planowali oni przejęcie władzy w kraju drogą zbrojnego przewrotu, który określali mianem narodowo-radykalnej rewolucji. W efekcie miało powstać państwo rządzone przez monopartyjną dyktaturę skrajnych nacjonalistów, z rozwiązaniami ustrojowymi bliskimi modelowi faszystowskiemu. „Gołębie” natomiast nie akceptowali proponowanych przez AK zasad scalenia, lecz nie odrzucali pluralizmu politycznego i dążyli do włączenia się w struktury Polskiego Państwa Podziemnego na możliwie najkorzystniejszych dla nich warunkach. W ich koncepcjach na powojenną Polskę ustrój państwa miał być demokratyczny. Zasadniczo sympatyzowali z parlamentaryzmem, który funkcjonował w II RP przed rządami sanacyjnymi, mimo wszelkich jego ówczesnych wad i niedoskonałości. Zbigniew Stypułkowski po wojnie prezentował powstanie NSZ jako część procesu scaleniowego.