W roku 1836 odbył się w Chałupach ostatni na Kaszubach (a także w Polsce i być może całej Europie) „sąd boży” – 51-letnia Krystyna Ceynowa, samotna wdowa po rybaku, posądzona została o czary i poddana tzw. próbie wody, która skończyła się samosądem i jej śmiercią. Na podstawie tej historii powstała legenda o czarownicy Ortyszy. Od jej imienia nazwano wydmę Ortus położoną 3 km od centrum Chałup.
Na koniec 1892 r. wieś miała 193 mieszkańców, 191 Kaszubów katolików i 2 Niemców ewangelików.
Zaraz po odzyskaniu przez Polskę niepodległości tereny osady wykupił mieszkaniec Warszawy, znany jako dr Majewski. Nowy nabywca rozpoczął pomiary gruntów pod place budowlane. Dr Majewski rościł sobie prawo do całego obszaru Chałup, w tym do parceli, które od wielu pokoleń należały do miejscowych rybaków. Mieszkańcy zdecydowanie i czynnie wystąpili przeciwko poczynaniom Majewskiego, odmawiając mu jakichkolwiek opłat. Nazwa Chałupy pojawiła się pierwszy raz w roku 1920, choć nazwa Ceynowa funkcjonowała jeszcze do roku 1928. W 1922 poprowadzono przez Chałupy linię kolejową, łącząca Hel z Władysławowem, z przystankiem kolejowym Chałupy. Wtedy wieś liczyła 230 osób. Od tego czasu wieś poczęła stopniowo przekształcać się z osady rybackiej w popularny kurort wypoczynkowy. W 1991 w Chałupach powstał kościół pod wezwaniem św.