poza tym wisi tu obraz przedstawiający Przemienienie Pańskie oraz mniejsze portrety założyciela miasta i jego syna Tomasza oraz nagrobek z rzeźbami XIV ordynata - Tomasza F. Zamoyskiego; południowa (prawa) nawa boczna: kaplica Różańcowa (Bractwa Różańcowego) – kopia obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej; kaplica Infułacka – obraz Św. Mikołaja Biskupa; kaplica Relikwii – barokowy ołtarz z XVII wieku z relikwiarzami (większość rokokowych), obraz św. Marii Magdaleny; kaplica Św. Trójcy – zamurowana; mieści się tu biblioteka kościoła.
Północna (lewa) nawa boczna: kaplica Akademicka – obraz św. Jana Kantego, patrona Akademii Zamojskiej; kaplica Zwiastowania NMP (Bractwa Literackiego) – kopia bardzo cennego obrazu Zwiastowania NMP (z Florencji); kaplica Chrystusa Ukrzyżowanego – rzeźby związane z droga krzyżową Jezusa; kaplica Matki Bożej Opieki (Łaskawej, Odwachowskiej) – obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem;