W 1861 zdecydował się opuścić Getyngę i przyjechał do Krakowa, by objąć Katedrę Anatomii Patologicznej Uniwersytetu Jagiellońskiego. W 1868 roku, po ustąpieniu prof. Antoniego Kozubowskiego przeszedł na Katedrę Anatomii Opisowej UJ. W 1872 Teichmannowi powierzono godność dziekana Wydziału Lekarskiego UJ, a w 1877 roku obrano go rektorem Uniwersytetu Jagiellońskiego. thumb|left|portret Ludwika Teichmanna autorstwa Kazimierza Pochwalskiego z 1889 Jego badania naczyń limfatycznych cieszyły się uznaniem środowiska lekarskiego, a za preparaty anatomiczne otrzymał nagrody na wystawach powszechnych w Paryżu i Wiedniu.
W 1853 odkrywca heminy (chloroheminy, kryształków Teichmanna): krystalicznej postaci barwnika krwi. Dopiero od momentu tego odkrycia polskiego uczonego była możliwa jednoznaczna ocena plam pozostawionych na miejscu przestępstwa, jako pochodzących od człowieka lub będących wynikiem działania innych substancji. Badania Teichmanna otworzyły drogę dla wszystkich późniejszych chemicznych badań nad hemoglobiną.