Niektórzy z członków Ypatingasis būrys, m. in. Vladas Korsakas, zostali po 1990 roku uznani za ofiary sowieckich represji politycznych i zrehabilitowani przez prokuratora generalnego niepodległej Litwy. Otrzymali także finansowe rekompensaty.
Procesy członków Ypatingasis būrys odbyły się także w Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej. 30 listopada 1973 roku sąd wojewódzki w Warszawie skazał na karę śmierci Józefa Miakisza (Juozasa Makišiusa), Władysława Butkuna (Vladasa Butkunasa) i Jana Borkowskiego (Jonasa Barkauskasa). W drodze łaski Rada Państwa zmniejszyła później te wyroki do 25 lat pozbawienia wolności. Z kolei w czerwcu 1977 roku sąd wojewódzki w Olsztynie skazał na karę 25 lat więzienia Wiktora Gliwińskiego (Viktorasa Galvanauskasa), któremu udowodniono udział w masowych egzekucjach w Ponarach. Sąd Najwyższy podwyższył wyrok na karę śmierci, lecz Rada Państwa skorzystała z prawa łaski, zamieniając go na 25 lat pozbawienia wolności.