Lata wojny Po rozpoczęciu wojny działalność Warszawianki została zawieszona. Zdecydowana większość zawodników i zawodniczek brała udział w działaniach obronnych. W latach 1939–1943 zginęło bądź zmarło wielu przedwojennych sportowców Warszawianki. Byli to m.in.: Janusz Kusociński, Wacław Sankowski, Stanisław Luxenburg, Wacław Luxenburg i Eugeniusz Lokajski. Lista ta wydłużyła się o wiele nazwisk w czasie powstania warszawskiego. Ogromne były także zniszczenia stolicy. Wszystko to utrudniło reaktywację klubu po wojnie.
Dwie reaktywacje po wojnie Pierwsze plany reaktywacji Warszawianki pojawiły się na warszawskiej Pradze już w 1944 roku. W 1945 roku do rozgrywek piłkarskich zgłosiła się drużyna Warszawianki, jednak po sezonie jej piłkarze przeszli do Polonii. Przedstawiciele sportów drużynowych związali się zaś z innymi zespołami.