Z fundacji kasztelana Stanisława Leszczyc-Skarszewskiego w latach 1668–1680 wzniesiono pod kierunkiem Franciszka Czosłowicza nowy, murowany kościół, konsekrowany w roku 1679 przez biskupa poznańskiego Stefana Wierzbowskiego. Jednonawową świątynię o fasadzie z trójkątnym szczytem i o prostokątnym prezbiterium wybudowano najprawdopodobniej według projektu Józefa Belottiego; rzeźby we wnętrzu kościoła są dziełem Jana Jerzego Plerscha.
Świątynię często odwiedzał król Jan III Sobieski. W latach 1734–1735 z woli króla Augusta III Sasa po prawej stronie prezbiterium wybudowano lożę dla niego i małżonki (para królewska zamieszkiwała pobliski pałac); z ich fundacji wzniesiono też (1756) ołtarz św. Józefa. W latach 1757–1781 powstała kaplica Matki Boskiej. W 1770 kościół oddzielono od ulicy klasycystycznym ogrodzeniem, a w 1792 roku do krużganka dobudowano prostopadłe boczne ramiona według projektu Hilarego Szpilowskiego.