W 1938 r. hitlerowskie władze zmieniły północne kwatery żydowskie w cmentarz garnizonowy. W trakcie II wojny światowej w krematorium palono zwłoki więźniów obozu koncentracyjnego Gross-Rosen w Rogoźnicy. W marcu 1944 roku w krematorium spalono zwłoki 10 lotników alianckich z grupy 50 zbiegłych z obozu jenieckiego w Żaganiu (kanwa filmu Wielka Ucieczka), zamordowanych przez gestapo, w tym zwłoki kapitana Włodzimierza Kolanowskiego.
Po 1945 roku Po przejęciu Legnicy przez stronę polską krematorium zostało zamknięte (od tego czasu już nigdy nie pełniło swojej funkcji), a obok niego umieszczono tablice pamięci żołnierzy AK i Sybiraków oraz ustawiono urnę z prochami ofiar (filia muzeum Gross-Rosen). Po wysiedleniu ludności niemieckiej nagrobki sprzed 1945 r. (w tym kwatera ofiar I wojny światowej) zostały zdewastowane. Do 1960 roku większość grobów niemieckich została zlikwidowana. Wiele spośród starych płyt nagrobnych wykorzystano do budowy muru wokół cmentarza