Do Wilhelmshaven powrócił 3 maja 1939.
II wojna światowa Wybuch wojny zastał okręt w Wilhelmshaven, gdzie 4 września 1939 został po raz pierwszy zbombardowany przez samoloty RAF. Niemiecka jednostka pomimo czterech bezpośrednich trafień nie odniosła większych uszkodzeń, ponieważ bomby nie wybuchły.
W październiku 1940 krążownik został wysłany w rejs rajderski na Ocean Atlantycki, trwający do 1 kwietnia kolejnego roku. 23 października 1940 opuścił Gotenhafen (okupacyjna nazwa Gdyni) i udał się do Brunsbüttel, które zostało wybrane jako punkt oczekiwania na nowe rozkazy.
1 listopada niezauważony przedarł się na północny Atlantyk przez Cieśninę Duńską, kosztem dwóch marynarzy zmytych z pokładu. Tam 5 listopada, dzięki informacjom wywiadu, napotykał konwój HX-84 płynący z Halifaksu w Nowej Szkocji, który był osłaniany jedynie przez krążownik pomocniczy HMS „Jervis Bay”. Najpierw tego dnia „Scheer” zatopił samotny statek „Mopan”, po zdjęciu z niego załogi, po czym wykrył konwój. Dowódca krążownika, komandor Edward Fegen podjął decyzję o obronie konwoju. „Admiral Scheer” otworzył ogień ze swych dział kalibru 280 mm. W odległości 10 Mm wywiązała się walka, w wyniku której krążownik pomocniczy po 22 minutach zatonął. Sam „Admiral Scheer” nie został trafiony.