W czasie jego rządów dochodziło do licznych afer korupcyjnych, udziału wysokiej rangi urzędników i wojskowych w przemycie narkotyków, praniu brudnych pieniędzy i konfliktu z głównodowodzącym siłami zbrojnymi generałem Lino Oviedo, który w 1996 roku dokonał nieudanej próby zamachu stanu. W 1998 roku został kandydatem na prezydenta jako przedstawiciel Partii Czerwonej, jednak tuż przed wyborami sąd wojskowy skazał go na 10 lat więzienia. Zwyciężył inny przedstawiciel colorados – Raúl Cubas Grau. Trzy dni po objęciu rządów w sierpniu 1998 roku uwolnił Oviedo. 23 marca zamordowano politycznego oponenta, jakim był Luís María Argaña. W stolicy Paragwaju rozpoczęły się zamieszki, zwolennicy Oviedo otworzyli ogień do uczestników, którzy uważali generała za zamieszanego w morderstwo; zginęło 8 osób. Prezydent ustąpił i wyjechał do Brazylii, zaś Oviedo do Argentyny.
We wrześniu 2002 roku Transparency International uznała Paragwaj za najbardziej skorumpowany kraj Ameryki Łacińskiej i 3. na świecie. W kolejnych wyborach, 27 kwietnia 2003 roku, wybrany został Nicanor Duarte z Partii Czerwonej;