Próba zamachu stanu przerodziła się w otwarty konflikt między Dinkami i Nuerami w kraju.
26 kwietnia 2016 prezydent Salva Kiir Mayardit powołał go na stanowisko pierwszego wiceprezydenta, sprawował ten urząd do 23 lipca 2016, kiedy zastąpił go Taban Deng GaiSouth Sudanese minister replaces 'missing' Riek Machar as vice president, africanews.com, 2016-07-23.
Życie prywatne W czerwcu 1991 poślubił Emmę McCune, brytyjską dziennikarkę i działaczkę społeczną, przybyłą do Sudanu pod koniec lat 80. do pracy w organizacji humanitarnej Street Kids International, zajmującej się edukacją dzieci. W chwili zawarcia małżeństwa był już żonaty i miał dwoje dzieci. Para zamieszkała w obozie wojskowym. Dwa miesiące po ślubie Machar wystąpił z szeregów SPLA, co znacznie pogorszyło warunki bytowe małżeństwa. Żona z powodów bezpieczeństwa poruszała się w towarzystwie strażników. Pozbawiona szerszego kontaktu ze światem zewnętrznym została pozbawiona członkostwa w Street Kids International w listopadzie 1991. Przez dwa lata towarzyszyła mężowi w czasie walk.