Partia Zielonych uznała ją za swoją fundację polityczną, tym samym uprawniając ją do otrzymywania finansowania z budżetu państwa.
W marcu 1996 roku na konwencji Partii Zielonych postulowano połączenie odrębnych podmiotów, a wniosek ten został poparty znaczną większością głosów. Statut zjednoczonej organizacji określał główne obszary działania – demokrację płci oraz zagadnienia dotyczące migracji i różnorodności. Po dalszych dyskusjach nowa fundacja przyjęła nazwę jednej ze swoich poprzedniczek – Fundacji im. Heinricha Bölla – i rozpoczęła działalność 1 lipca 1997 roku w Berlinie na terenie Hackesche Höfehttp://www.boell.de/de/navigation/neubau-6953.html.. W 2008 roku organizacja przeniosła się do swojej obecnej siedziby w berlińskiej dzielnicy rządowej. Jej nowy, energooszczędny budynek zaprojektowała firma e2a eckert eckert architekten z Zurychu, a inspiracją dla jego konstrukcji były dwa zrealizowane obiekty: Miesa van der Rohe – Farnsworth House oraz budynek Seagram.
Organizacja Centrala i biura w Niemczech Obecna centrala Fundacji w centrum Berlina (od 2008 r.) obejmuje powierzchnię ok. 7000 m², oferując nowoczesną przestrzeń biurową dla ok. 185 pracowników.