Od 2008 roku właścicielem 100% akcji klubu jest miasto Płock. Z funkcji prezesa z dniem 31 grudnia 2007 roku zrezygnował Marek Janicki. Nowym prezesem 8 stycznia 2008 został Krzysztof Ganc, który w latach 1999–2001 pracował jako dyrektor działu gospodarczego klubu. 3 czerwca 2008 zrezygnował on z funkcji prezesa klubu – zastąpił go Grzegorz Kępiński jako p.o. prezesa, jednakże zrezygnował 30 czerwca 2008. Od lipca 2008 klub nie posiadał prezesa, a zarząd klubu składał się z 1 wiceprezesa. 1 sierpnia 2008 uzupełniono zarząd, a prezesem został Piotr Kubera. W skład zarządu wszedł również Janusz Matusiak.
Kryzys formy i spadek do II ligi Po największych sukcesach jakie klub odniósł w sezonie 2005/2006, nadszedł kryzys formy. Wisła w następnym sezonie nie zdołała obronić Pucharu Polski, odpadając w półfinale. W lidze również nie szło Nafciarzom – zajęli przedostatnie miejsce. W następnym sezonie Wiśle nie udało się awansować do Ekstraklasy i mazowiecki klub grał w nowo utworzonej I lidze. Zajęła w niej 15. miejsce (spadkowe) w sezonie 2009/2010. W sezonie 2010/2011 Wisła Płock zagrała w II lidze.