Następnie z przerwami pracował jako lekarz, dorabiając tłumaczeniem prac naukowych głównie z medycyny, chemii i fizyki, jednocześnie dopisując komentarze. Pisał własne artykuły medyczne oraz pogłębiał wiedzę, żyjąc w skromnych warunkach i bardzo często przeprowadzając się z jednego do drugiego miasteczka położonego w okolicach Łaby. W 1782 poślubił Johannę Köchler – pasierbicę aptekarza Haselera z Dessau. Doczekali się jedenaściorga dzieci, z których sześcioro zmarło.
Podczas tłumaczenia książki szkockiego uczonego Williama Cullena w 1789 roku napotkał na rozdział mówiący o stosowaniu chininy w malarii. Autor sugerował, że chinina wzmacnia żołądek ze względu na właściwości ściągające (adstringens). Hahnemann postanowił sam na sobie wypróbować działanie chininy. Ku własnemu zdziwieniu odkrył, że po zażyciu chininy wystąpiły u niego objawy charakterystyczne dla malarii. Wyciągnął wniosek, że chinina ulecza to, co wywołuje u zdrowego. W ten sposób narodził się pierwszy warunek sine qua non nowej metody leczenia, czyli „podobne należy leczyć podobnym”, po łacinie Similia similibus curantur. Na tę zasadę zwrócili uwagę przed Hahnemannem inni medycy, między innymi w starożytności Hipokrates, zaś w czasach nowożytnych Paracelsus.