Ze względu na zakaz odbywania zbiorowych modłów w synagodze Maharszala znajdowało się schronisko dla ubogich, uchodźców, wysiedleńców oraz stołówka dla biednych. W Jeszywas Chachmej Lublin mieściła się siedziba żandarmerii wojskowej. Z bogatego księgozbioru jesziwy większość książek została publicznie spalona przez nazistów w 1940 roku. Cenniejsze pozycje przenieśli oni do biblioteki miejskiej im. H. Łopacińskiego i Muzeum Lubelskiego. Ich dalszy los jest mało znany.
Tragiczny los spotkał również budynek Szpitala Żydowskiego. Został ograbiony z cennej aparatury medycznej, a 27 marca 1942 roku hitlerowcy wymordowali wszystkich pacjentów i część personelu.
thumb|Burzenie dzielnicy żydowskiej w Lublinie przez nazistów w latach 1942–1943. Na pierwszym planie resztki bimy w sali modlitewnej przy ul. Jatecznej, w głębi synagoga Maharszala.
Na przełomie marca i kwietnia 1942 roku około 30 tysięcy osób wywieziono do obozu zagłady w Bełżcu, zaś 4 tysiące do Majdanu Tatarskiego. Kolejną wielką akcję eksterminacyjną przeprowadzono we wrześniu 1942 roku, kiedy to Niemcy rozstrzelali na miejscu około 2000 osób. Następną przeprowadzono w październiku tegoż roku;