Od połowy 1989 roku klub zmagał się z problemami natury organizacyjnej oraz finansowej. Spowodowane one były zmianami ustrojowym państwa, poprzez które przedsiębiorstwa i zakłady przemysłowe wspierające Koronę, zostały sprywatyzowane. W tamtym okresie od klubu odłączyły się inne sekcje i została tylko sekcja piłki nożnej. Poszukiwano rozmaitych rozwiązań na zażegnanie kłopotów. W sprzedaży dostępne były cegiełki mające na celu zasilenie budżetu Korony, lecz również one nie pomogły. W styczniu 1993 roku doszło do założycielskiego spotkania drużyny Miejski Klub Sportowy – Sekcja Futbolowa Korona Kielce. Następnie klub MKS Korona został postawiony w stan likwidacji, a sekcję piłki nożnej przekazano do MKS-SF Korona. Pozwoliło to uratować zespół przed całkowitym rozpadem, ale nie uchroniło go od degradacji do III ligi. Na trzecioligowych boiskach kieleccy piłkarze występowali przez kolejne cztery sezony, plasując się w czołówce i walcząc o awans z KSZO Ostrowiec Św., Górnikiem Łęczna i MG MZKS Kozienice.