Uroczystej konsekracji kościoła dokonał 2 września 1877 arcybiskup Lodovico Jacobini nuncjusz apostolski w Wiedniu.
W latach 1911–1912 kościół został rozbudowany według projektu Jana Sas Zubrzyckiego, przedłużono wówczas prezbiterium, wybudowano nową zakrystię łącząc ją z klasztorem oraz kaplicę Matki Bożej z Lourdes. Ponowna konsekracja odbyła się 1 listopada 1912, dokonał jej Kacper Słomiński wizytator zgromadzenia księży Misjonarzy. Po zmianie wystroju kościół powtórnie konsekrował biskup Stanisław Rospond.
Wnętrze Obecny ołtarz główny wykonano w 1935 r. według projektu Franciszka Mączyńskiego z białego marmuru i alabastru, we wnękach umieszczono drewniane figury Serca Jezusa oraz świętych Piotra i Pawła. W lewym ołtarzu bocznym znajdują się rzeźby św. Wincentego a Paulo oraz świętych Antoniego i Józefa.
W ołtarzu bocznym po prawej stronie umieszczono barokowy obraz z 1700 r. Chrystusa Ukrzyżowanego zwanego Milatyńskim. Został on sprowadzony z Rzymu do Milatyna Nowego koło Lwowa, od 1747 r. znajdował się w kościele karmelitów bosych w Milatynie. W 1755 r. ogłoszono wizerunek Chrystusa cudownym. Do Krakowa trafił w 1945 r., początkowo został umieszczony w klasztorze Misjonarzy w 1976 r. przeniesiono go do kościoła i umieszczono w ołtarzu.