Kontynuował występy w ekranizacjach dzieł Williama Shakespeare’a. Zagrał postać Fluellena, walijskiego oficera w armii Henryka w Henryku V (Henry V, 1989) w reż. Kennetha Branagha i Poloniusza w Hamlecie (1990) w reż. Franco Zeffirelliego z Melem Gibsonem w roli tytułowej. Inne znaczące pozycje filmowe, w których się pojawia to Nagi lunch (1991), Szaleństwo króla Jerzego (1994), Piąty element (1997) czy Pan życia i śmierci (2005). Za rolę prawnika Mitchella Stevensa w dramacie Atoma Egoyana Słodkie jutro (The Sweet Hereafter, 1997) został uhonorowany nagrodą Genie i był nominowany do Nagrody Stowarzyszenia Nowojorskich Krytyków Filmowych dla najlepszego aktora. Szczególną popularność przyniosła mu rola Bilba Bagginsa w filmowej adaptacji Władcy Pierścieni Johna Ronalda Reuela Tolkiena.
Życie prywatne Holm był czterokrotnie żonaty i miał pięcioro dzieci. W latach 1955–1965 jego żoną była Lynn Mary Shaw. W latach 1982–1986 tworzył związek małżeński z Sophie Baker, z którą miął syna Harry’ego. W marcu 1991 ożenił się z aktorką Penelope Wilton], w 2001 doszło do rozwodu. W grudniu 2003 poślubił Sophie de Stempel, która była artystką, podopieczną i modelką Luciana Freuda.
W 1989 królowa Elżbieta II nadała mu tytuł Komandora Orderu Imperium Brytyjskiego (CBE).