W 1638, pod pretekstem herezji, Saint-Cyran został aresztowany przez kardynała Richelieu obawiającego się zrodzenia w Port-Royal opozycji wobec dworu Ludwika XIII. Spory wynikłe z konfliktu z jansenizmem, polityczny charakter, jaki przybierały i kłótnie wśród duchownych francuskich zakończyły się w 1655 obowiązkiem podpisania przez wszystkich duchownych deklaracji potępiającej Janseniusza. Początkowa odmowa złożenia podpisu przez siostry z Port-Royal zaskutkowała nadzorem policyjnym klasztoru i zamknięciem jego szkół. W imię posłuszeństwa, ale sprzecznie z wewnętrznym przekonaniem, cysterki w 1669 roku złożyły ostatecznie swe podpisy pod deklaracją. Fakt ten przeszedł do historii pod terminem Pokoju Klementyńskiego (od imienia ówczesnego papieża Klemensa IX). Pokój jednak pokojem nie był. W tym samym roku umarł papież i wkrótce zaczęła się kasata zakonu, a w 1709 roku Port-Royal zrównano z ziemią.