Sytuacja zmieniła się w 1864 r. po zakończeniu wojny rosyjsko-czerkieskiej, w której to Abchazowie wspomagali swoich pobratymców Czerkiesów, walczących przeciwko kolonialnej polityce rosyjskiej. Wówczas podporządkowano Abchazję bezpośrednio administracji rosyjskiej tworząc suchumski okręg wojskowy. Reakcją na zniesienie autonomii było krwawo zdławione powstanie narodowe Abchazów w 1866 roku.
Podczas wojny rosyjsko-tureckiej w latach 1877–1878, Abchazja została poważnie zniszczona. W konsekwencji klęski powstania z 1877 i przetaczających się przez kraj wojen, a także rosyjskiej polityki machadżyrstwa nastąpiła masowa emigracja abchaskich muzułmanów na terytorium Imperium Osmańskiego – wówczas około połowa Abchazów opuściła swoją ojczyznę. W okresie 1877–1905 Abchazowie ze względu na liczne bunty byli na mocy carskiego ukazu na liście „winnych narodów”, stanowiących zagrożenie dla Imperium Rosyjskiego. Z poparciem władz carskich w Abchazji zaczęli osiedlać się prawosławni Gruzini i Rosjanie oraz uchodzący z terenów dzisiejszej Turcji Ormianie i Grecy. Od lat 70.