Najsłynniejszymi z nich są Jaskinia Nowoatońska i Jaskinia Abrskila. Z kolei w masywie Arbaa znajduje się Jaskinia Krubera – najgłębsza jaskinia na świecie.
W Abchazji znajduje się ponad 180 jezior. Największymi i najbardziej znanymi są jeziora Amtkjal i Rica.
Abchazja ma niewielkie zasoby węgla kamiennego, rud cynku, ołowiu, miedzi, rtęci i barytu, oraz surowców budowlanych. Kraj obfituje w liczne źródła mineralne (np. miejscowość Awdachara).
Główne rzeki: Bzyp, Kodori, Psou, Gumista i Galidzga.
Na wybrzeżu panuje klimat podzwrotnikowy, wilgotny, w górach od 500 do 2000 m n.p.m. – górski umiarkowany, powyżej 2000 m n.p.m. – górski chłodny. Średnia temperatura w styczniu wynosi od −2 °C do +7 °C, w lipcu od +16 °C do +24 °C, roczne opady wynoszą 1300–2400 mmGeografia Abchazji, dostęp 2012-06-09..
Na wybrzeżu i pogórzu przeważają czerwonoziemy i żółtoziemy, wyżej gleby próchniczno-węglanowe, brunatne gleby leśne i gleby górskie.
Pierwotna roślinność, chroniona w rezerwatach (Rica, Gumistyński, Pschuski, Picundyjsko-Miusserski) to do wys. 1000 m n.p.m. zrzucające na zimę lasy liściaste (z drzewami takich rodzajów jak: buk, kasztan, dąb, grab) z podszytem z wiecznozielonych krzewów (laurowiśnia, rododendron, ostrokrzew, bukszpan).