Latem 2004 Perea przeszedł do hiszpańskiego Atlético Madryt, do którego ściągnął go ówczesny szkoleniowiec tego zespołu, César Ferrando. W Primera División Kolumbijczyk zadebiutował w 1. kolejce ligowej, 28 sierpnia w wygranym 2:0 meczu z Málagą. Łącznie w lidze rozegrał 33 mecze opuszczając jedynie 5 spotkań, głównie z powodu nadmiaru kartek, a z Atlético zajął 11. miejsce w lidze. W sezonie 2005/2006 wystąpił w 34 meczach i otrzymał 11 żółtych i 1 czerwoną kartkę. Ze stołecznym klubem zajął 10. miejsce w La Liga. W 2010 roku zdobył z Atlético Ligę Europy, a następnie także Superpuchar Europy. Pierwszy z wymienionych sukcesów odniósł również dwa lata później.
W czerwcu 2012 został zawodnikiem meksykańskiego klubu Cruz Azul z siedzibą w stołecznym mieście Meksyk. 5 stycznia 2013 w zremisowanym 3:3 meczu ligi meksykańskiej z Morelią, mając 33 lata, strzelił swojego pierwszego gola w profesjonalnej karierze. W wiosennym sezonie Clausura 2013 wywalczył z Cruz Azul wicemistrzostwo kraju, a także zdobył krajowy puchar – Copa MX.