W 2007 roku punkt monitoringu diagnostycznego (na którym realizowano ponadto monitoring operacyjny) przeniesiono do Grzęby, nieco bliżej ujścia do Sanu (2,2 km) i stał się on jedynym punktem monitoringu wód Trzebośnicy. Punkt badania osadów pozostał ten sam.
Zgodnie z programem wodno-środowiskowym za obiekty zagrażające stanowi wód Trzebośnicy uznano następujące zakłady: Zakłady Chemiczne "Organika-Sarzyna" S.A., Elektrociepłownia Nowa Sarzyna i Zakład Chemiczny „Silikony Polskie”, wszystkie zlokalizowane w Nowej Sarzynie. Na Trzebośnicy znajduje się jedno z przemysłowych ujęć wody zakładu "Organika-Sarzyna". Podstawowym źródłem zanieczyszczenia Trzebośnicy nie są spływy z pól, lecz ścieki komunalne, zwłaszcza z oczyszczalni ścieków w Sokołowie Małopolskim.
W latach 2000 i 2001 wody Trzebośnicy oceniono jako nieodpowiadające ówczesnym normom (pozaklasowe). W 2001 roku zbadano również osady rzeczne, które okazały się jednymi z najmniej zanieczyszczonych w województwie.