Pozostali przy życiu obrońcy Umocnienia Kobryńskiego przeszli do Fortu Wschodniego.
W dniu 29 czerwca po dwóch silnych atakach powietrznych skapitulował Fort Wschodni. Niemcy wzięli do niewoli dowódców obrony. Fomin, jako komisarz polityczny i Żyd, wydany przez jednego z żołnierzy, został natychmiast rozstrzelany. Na tym zakończyła się zorganizowana obrona twierdzy. W związku z tym niemiecka 45. Dywizja Piechoty już 2 lipca opuściła Brześć.
Według rosyjskich źródeł istniało jeszcze wiele izolowanych skupisk obrony małych jednostek, a nawet pojedynczych osób, które ukrywały się w ruinach i kazamatach. Pewnej liczbie obrońców udało się nawet po pewnym czasie opuścić twierdzę i przedostać do partyzantki. Pozostali ukrywali się jeszcze wiele dni. Major Piotr Gawriłow dostał się do niewoli dopiero 23 lipca. Wersji tej nie potwierdzają dokumenty niemieckie, z których wynika, że po upadku Fortu Wschodniego żadne zorganizowane działania bojowe na terenie twierdzy nie były prowadzone, a po 27 czerwca nie zginął już w twierdzy żaden niemiecki żołnierz. +Straty niemieckiej 45.