Zakładano, że ogólne dowództwo spoczywać będzie w rękach komendanta garnizonu warszawskiego, z tym, że w wypadku lokalnych rozruchów (alarm I i II stopnia) walką miał kierować SS- und Polizeiführer, a do ich stłumienia użyte zostałyby podległe mu jednostki SS i policji. Wehrmacht miał wkroczyć do akcji jedynie w przypadku, gdyby doszło do wybuchu powstania powszechnego (dowodzenie nad wszystkimi niemieckimi siłami w Warszawie objąłby wówczas komendant garnizonu). Z racji trudnej sytuacji militarnej, w jakiej znajdowała się III Rzesza, niemiecki garnizon Warszawy nigdy nie osiągnął jednak planowanej liczebności. Co więcej, niektóre spośród jego najbardziej wartościowych oddziałów zostały wycofane z miasta i skierowane na front.
W momencie wybuchu powstania niemiecki garnizon Warszawy liczył ponad 13 tysięcy żołnierzy. Na tę liczbę składało się około 5600–6000 żołnierzy Wehrmachtu, 4300 osób w jednostkach SS i policji oraz blisko 3 tysiące żołnierzy naziemnej obsługi lotnictwa (z czego około 2,5 tysięcy na lotnisku Okęcie oraz około 500 na lotnisku bielańskim). Jeżeli doliczyć do tego również baterie artylerii przeciwlotniczej i oddziały zadymiania mostów wchodzące w skład stacjonującego w mieście 80. pułku 10.