W celu zbadania liczby kopii badanej sekwencji w próbie sporządza się serię rozcieńczeń roztworu o znanym stężeniu i liczbie kopii DNA, wyznacza się według nich krzywą wzorcową i, mając dany punkt Ct, na podstawie tej krzywej szacuje się liczbę cząsteczek.
Barwniki i sondy Techniki określania ilości nowych kopii badanego fragmentu DNA można podzielić na metody wykrywania sekwencji specyficznych i niespecyficznych.
Detekcja niespecyficzna Detektorami niespecyficznymi są cząsteczki fluoroforu emitujące światło o określonej długości po związaniu się z dwuniciowym DNA, jak bromek etydyny, jodek propidyny i SYBR Green I.
Detekcja niespecyficzna to najprostsza i najmniej kosztowna metoda, jednak najbardziej podatna na błędy, na przykład wskutek wiązania się fluoroforu z dimerem starterów, strukturą powstającą w wyniku wiązania się ich z sobą, gdy są częściowo do siebie komplementarne, czy z innymi nieswoistymi produktami reakcji.