Z kolei ostatnie populacje, które dotrwały do XXI wieku, zamieszkujące Cát Tiên i Ujung Kulon, rozdzieliły się w plejstocenie, pomiędzy 2000000 a 300000 lat temu. Wtedy tereny te stanowiły część prehistorycznego lądu Sunda, którego niższe tereny na skutek wahania się poziomu morza były okresowo zalewane, a wyższe tworzyły wyspy. Stan ten utrzymuje się obecnie.
Morfologia Nosorożec jawajski nie dorównuje rozmiarami swemu krewnemu, nosorożcowi indyjskiemu, którego przypomina. Biorąc pod uwagę wielkość, jest podobny raczej do nosorożca czarnego. Długość ciała (wliczając w to głowę) dochodzi do 3,1–3,2 m (niektóre źródła wspominają o przedziale 2–4 m), wysokość zaś rozciąga się pomiędzy 1,4 i 1,7 m. Zanotowana masa ciała dorosłych waha się w szerokich granicach od 900 do aż 2300 kg. Z powodu zagrożenia wyginięciem, badań mających na celu dokładniejsze pomiary nigdy nie przeprowadzono, nie stanowią one priorytetu. Nie występuje znaczna różnica wielkości pomiędzy płciami, aczkolwiek samice mogą być nieco większe. Podgatunek wietnamski wydaje się nieco mniejszy od zamieszkującego Jawę, lecz badania prowadzące do tego wniosku oparto na fotografiach i pomiarach odcisków stóp.