Fabuła mały|Glitch - główne narzędzie Boba Na pierwszy sezon składa się seria 13 luźno powiązanych epizodów. Kolejne odcinki wprowadzają nowych bohaterów, a osią fabuły jest walka głównych bohaterów z wirusami, Megabajtem i Hexadecimal. Znaczna część akcji toczy się wewnątrz gier uruchamianych przez użytkownika. Zadaniem Boba jako strażnika jest przystępowanie do gier i niedopuszczenie do zwycięstwa użytkownika, gdyż wygrana gracza powoduje wykasowanie części miasta.
W drugim sezonie pojawia się wątek fabularny, łączący poszczególne odcinki. Przybyła z Sieci kreatura opanowuje najpierw Hexadecimal, a następnie Megabajta zmuszając ich do połączenia się i utworzenia wirusa kolejnej generacji, Gigabajta. Bohaterom udaje się na powrót rozdzielić wirusy, jednak wówczas kreatura ucieka do Sieci, pozostawiając otwarty portal. Aby obronić Mainframe przed atakującymi kreaturami główni bohaterowie zawierają sojusz z Megabajtem. Portal udaje się zamknąć, wcześniej jednak wirus wyrzuca Boba do Sieci.