Ostatnie lata. Inne funkcje W czerwcu 1991 spotkał proboszcza zaszczyt powitania goszczącego w Olsztynie papieża Jana Pawła II w drzwiach katedry (co nominalnie powinien uczynić prepozyt kapituły katedralnej). Rok później doczekał się podniesienia świątyni do rangi archikatedry (wraz z powołaniem metropolii warmińskiej), nie dożył natomiast nadania olsztyńskiej katedrze statusu bazyliki mniejszej (co nastąpiło w 2004). W 1996 ks. Borkowski otrzymał katolickie odznaczenie „Znak Solidarności”. Przypadły mu także inne godności kościelne - w październiku 1982 papieskiego prałata honorowego, w listopadzie 1996 protonotariusza apostolskiego (infułata). W kapitule katedralnej był od grudnia 1969 kanonikiem-penitencjarzem, a po ukończeniu 75. roku życia w styczniu 1997 - kanonikiem zasłużonym. W pracach Diecezjalnej Komisji Liturgicznej brał udział do grudnia 1976, dziekanem dekanatu Olsztyn-Południe był do października 1982. Był również członkiem Rady Wydawniczej Warmińskiego Wydawnictwa Diecezjalnego (od kwietnia 1986), członkiem Diecezjalnej Komisji Doktryny Wiary (1968-1978), a po przejściu na emeryturę członkiem komisji ds. święceń kapłańskich alumnów Hosianum i egzorcystą archidiecezjalnym.