Pierwsze lata pracy kapłańskiej Po święceniach kapłańskich przystąpił do pracy duszpasterskiej w diecezji warmińskiej. Mszę prymicyjną odprawił w prokatedrze olsztyńskiej 26 czerwca 1950. W sierpniu 1950 pracował jako wikariusz w Olsztynku, a następnie został prefektem Państwowego Gimnazjum i Liceum Komunikacyjnego w Olsztynie. 1 stycznia 1951 objął jednocześnie obowiązki wikariusza parafii katedralnej św. Jakuba w Olsztynie. W październiku 1956 został przeniesiony do odległych od Olsztyna Galin, gdzie jako administrator parafii zajmował wprawdzie samodzielne stanowisko, ale według ks. Jana Rosłana przeniesienie to było przede wszystkim formą kary ze strony administratora kapitulnego diecezji ks. Stefana Biskupskiego - ks. Biskupski, który jako rządca diecezji współpracował z władzami państwowymi, organizował m.in. jubileusz 10-lecia Stowarzyszenia PAX, a ks. Borkowski odmówił wzięcia udziału w uroczystości. Niebawem po wydarzeniach października 1956 doszło do kolejnej zmiany rządcy diecezji;