Gmach i otoczenie seminarium Prymasowskie Wyższe Seminarium Duchowne mieści się w Śródmieściu, u podnóża Wzgórza Lecha. Kompleks budynków stanowią: stary gmach (część zabytkowa z XVIII wieku, rozbudowana dwukrotnie przed 1939 rokiem oraz ponownie po II wojnie światowej)wpisany do rejestru zabytków (nr rej. 356/A z dnia 21 listopada 1968), nowy gmach z lat 80. XX wieku, konwikt z pierwszej połowy XX wieku (obecnie siedziba Studium Muzyki Kościelnej), dawny dom zakonny sióstr elżbietanek (obecnie siedziba Caritas Archidiecezjalnego i fundacji Gaudentinum) oraz budynki gospodarcze. Od roku akademickiego 2016/2017 decyzją abp. Wojciecha Polaka seminarium mieści się w starym gmachu, natomiast nowy gmach przekształcono w Centrum Edukacyjno-Formacyjne. W starym gmachu, po gruntownym remoncie w latach 2015–2016, mieszczą się m.in. dwie kaplice – najstarsza, zabytkowa pw. Zwiastowania NMP oraz najmłodsza (z 2005 roku) – Błogosławionych Męczenników A. G. z II wojny światowej. Ponadto znajduje się tam biblioteka PWSD, posiadająca w swych zbiorach ponad 72 000 woluminów. Są także sale wykładowe, pomieszczenia administracyjne, kuchnia i jadalnie oraz pokoje kleryckie i mieszkania kapłańskie. Budynek jest przygotowany dla 55 kleryków. W nowym gmachu mieści się kaplica pw.