Następnie otrzymał tytuł hetmana wojsk zaciężnych i wyruszył z polskimi chorągwiami do Inflant, gdzie wziął udział w walkach w latach 1561–1562.
Sprawował obowiązki referendarza dworu polskiego Zygmunta II Augusta w WilnieLudwik Kolankowski, Zygmunt August Wielki Książę Litwy do roku 1548, Lwów 1913, s. 317..
Został pochowany w Lublinie.
Publikacje autorstwa Floriana Zebrzydowskiego "Porządek żołnierski tak w polu jako i na zamkach od P. Floriana Zebrzydowskiego opisany anno 1559" "Artykuły które są opowiadane przez Wielmożnego Pana Florijana Zebrzydowskiego" – wydane pod Zelborkiem 10 września 1561 r.
Bibliografia S. Bodniak, Przedmowa, [do:] Hetman Florian Zebrzydowski o porządku wojennym, wyd.S. Bodniak, „Przegląd Historyczno-Wojskowy”, 1931, R. 3, z. 2, s. 295–299 P. Makowiec, Działalność wojskowa hetmana Floriana Zebrzydowskiego, „Materiały do Historii Wojskowości” 2004, nr 2, s. 11–17 J. Serczyk, Florian Zebrzydowski hetman wojsk zaciężnych, kasztelan lubelski, starosta są-decki i tyszowiecki.