Niestabilna sytuacja kraju skłaniała Karola II do abdykacji na rzecz syna. Pozostawał jednak sceptyczny temu posunięciu, uznając że nonszalancki Ferdynand nie poradzi sobie w trudnym położeniu kraju. Ostatecznie austrofilski książę, przekonany objęciem rządów w Wiedniu przez Franciszka Józefa, abdykował 14 marca 1849. Ferdynand przyjął imię Karola III, księcia Parmy, Piacenzy i ziem włączonych. 5 kwietnia 1849 armia austriacka wkroczyła do Parmy, tłumiąc rewolucję i pozwalając przebywającemu w Saksonii Karolowi II powrócić do kraju. Karol III nadal pozostawał na emigracji, powracając do księstwa na początku maja 1849 wraz z wycofującym się z Florencji austriackim korpusem ekspedycyjnym. 18 maja 1849, został uroczyście instalowany w Sanktuarium Matki Bożej Karmicielki. Już 20 maja został internowany przez Austriaków, którzy sprzeciwili się powołaniu go do wojska sabaudzkiego, i osadzony w Ołomuńcu. Zwolniony został dopiero 25 sierpnia tego samego roku, na wieść o zawarciu pokoju pomiędzy Austrią a Sardynią.