By lepiej zrozumieć pierwotny, przedwygnaniowy Izrael, Wellhausen oddał się studiom dotyczącym przedmuzułmańskiej i wczesnomuzułmańskiej przeszłości Arabów. Początkowo skoncentrował się on na badaniu poezji plemienia Huzajl, poprzez którą chciał uzyskać wgląd w światopogląd Beduinów. Poprzez obserwowanie budowania społeczności we wczesnym islamie Wellhausen zamierzał wyjaśnić rolę jaką odgrywała w tym religia. Uważał on, iż w wyniku działań Mahometa religia stała się podstawą powstawania społeczności, zastępując wspólnotę krwi, która funkcjonowała w tej roli w plemionach. W swoich pracach śledził on rozwój strategicznych sojuszy i partii w stronę religijnych sekt, a także ich ograniczenia. Jego dzieło Das arabische Reich und sein Sturz (1902) uważane jest za początek poważnych naukowych studiów nad okresem umajjadzkim, a jego powstanie było możliwe dzięki ukończeniu lejdeńskiej edycji Tarich ar-rusul wa al-muluk At-Tabariego. Wellhausen dostarczał w nim „raczej przychylnego obrazu Umajjadów i ich urzędników jako pragmatycznych polityków, twórców i przywódców imperium bazującego na idei dominacji Arabów nad nie-Arabami i w większości przypadków nie przejmujących się kwestiami religijnymi dopóki nie byli do tego zmuszeni przez ich pobożnych oponentów”.