Utwór jest stałym elementem tras koncertowych Aguilery; od 2002 roku wokalistka wykonuje piosenkę w zupełnie innym brzmieniu niż tym znanym z wersji albumowej i singlowej utworu. W drugiej połowie 2003 singlowa kompozycja była elementem trasy Stripped World Tour, która przebiegała przez Europę, Japonię i Australię. Aguilera odśpiewywała wówczas akustyczną wersję „Come on Over Baby (All I Want Is You)”. Od listopada 2006 do lipca 2007 Aguilera koncertowała z utworem w tournée po Europie, Ameryce Północnej, Azji i Australii podczas Back to Basics Tour. Utwór był elementem segmentu trasy 1920's Flapper i wykonywany był w jazzowym stylu. Wcześniej, w latach 2000–2001, artystka koncertowała z piosenką w wersji standardowej po Ameryce i Japonii w trakcie Christina Aguilera Latin American Tour 2001 oraz podczas trasy Sears & Levis US Tour po krajach Ameryki Północnej.