Uzbrojenie stanowiło jedno działko 23 mm NR-23 z 80 nabojami. Wyprodukowano w 1955 roku jedynie 10 samolotów, z większej serii zrezygnowano.
Opracowano także wariant rozwojowy bombowca taktycznego Jak-125B (przewidywane oznaczenie seryjne Jak-25B), przenoszący broń atomową, oblatany pod koniec 1954 roku. W nosie kadłuba miał on kabinę nawigatora, wyposażoną w celownik radiolokacyjny RMM-2 Rubidij, a wewnątrz kadłuba urządzono komorę bombową. Próby prowadzono w 1955 roku, nie został jednak wdrożony do produkcji z powodu pojawienia się nowszych samolotów naddźwiękowych. Opracowano też morski samolot rozpoznawczy Jak-25RM, którego próby prowadzono w 1955 roku. W przedłużonym nosie kadłuba miał stację radiolokacyjną wykrywania celów morskich SPRS-1 Kurs i aparat fotograficzny. Na skutek niedopracowania systemu Kurs, samolot nie wszedł do produkcji.