Zmiany w porównaniu z poprzednią częścią W porównaniu z poprzednią częścią Splinter Cell w Pandora Tomorrow ulepszono grafikę. Usprawniono także kontrolę nad ruchami postaci. Wprowadzono kilka ułatwień, np.: w Pandorze podchodząc do zamkniętych na klucz drzwi od razu wyświetlają się opcje: „Użyj wytrychów”, „Użyj kabla optycznego” gdzie w Splinter Cell trzeba było wszystko wyciągać ręcznie z ekwipunku. Po raz pierwszy wprowadzono bardzo dynamiczne akcje takie jak np. desant na pędzący pociąg. Dodano także więcej misji na zewnątrz budynków.
Tryb gry wieloosobowej W Splinter Cell: Pandora Tomorrow dodano tryb gry wieloosobowej. Akcja w nim jest oparta na działaniach komandosów SHADOWNET. Jest kilka trybów rozgrywki. Gracz może wybrać drużynę komandosów SHADOWNET lub najemników firmy ARGUS. W zależności od drużyny można dobierać sobie różny ekwipunek.