Trzy miesiące później ze stanowiska burmistrza Sofii zrezygnował, również wybrany do parlamentu, Stefan Sofijanski. Bojko Borisow wziął udział w przedterminowych wyborach, w których zdecydowanie wygrał (uzyskał ponad 70% głosów). Liczni komentatorzy, w tym szczególnie z mediów zagranicznych, wskazując na skuteczną walkę z grupami przestępczymi, nazywało go „szeryfem”. Pojawiały się głosy przewidujące, że Bojko Borisow będzie w przyszłości premierem Bułgarii. Jako burmistrz Sofii doprowadził do zwiększenia budżetu miasta o 100%, ponadto w mieście znacznie wzrosła liczba inwestycji zagranicznych.
Pod koniec 2006, niezadowolony z kierunku, w którym zmierzał Narodowy Ruch na rzecz Stabilności i Postępu, zaangażował się w tworzenie nowej partii – Obywatele na rzecz Europejskiego Rozwoju Bułgarii (GERB). Bojko Borisow został nieformalnym liderem, w której formalne przywództwo objął Cwetan Cwetanow. Formalne przewodnictwo w partii Bojko Borisow objął po kilku latach – 10 stycznia 2010.