W styczniu 1942 został członkiem Polskiej Partii Robotniczej i wstąpił do Gwardii Ludowej. Pełnił służbę szefa wydziału w Sztabie Głównym GL, a następnie był dowódcą grupy bojowej GL pod pseudonimem „Andrzej”, z którą brał udział w akcjach bojowych przeciwko Niemcom na terenie Warszawy. 23 września 1943 ma mocy rozkazu Dowództwa Głównego GL został mianowany na stopień podporucznika. Na początku 1944 został dowódcą Grupy Specjalnej Sztabu Głównego AL pod pseudonimem „Konrad”. 17 lutego 1944 na rozkaz Mariana Spychalskiego przeprowadził akcję na archiwum Delegatury Rządu na Kraj przy ul. Poznańskiej 12 w WarszawieJ. Morawski, Tajemnice generała Fonkowicza, Życie, 1998 nr 2(381).. W jej wyniku kontakt konspiracyjny Armii Krajowej ujawniony został Gestapo za pośrednictwem podwójnego agenta Artura Jastrzębskiego, a AL zdobyła materiały o przedwojennej policyjnej agenturze w szeregach komunistów. Spowodowało to falę aresztowań żołnierzy AKJanusz Marszalec Zdobycie Archiwum Delegatury Rządu przez AL i gestapo Biuletyn IPN nr 3–4 2006, s. 27–34, wersja elektroniczna.. Od marca 1944 pełnił funkcję szefa wydziału II (informacyjnego) Sztabu Głównego AL.