Zmieniono część ościeży okiennych, wstawiając płyciny podokienne z namalowanymi przeźroczami, zbudowano nowe hełmy wieżyczek ze schodami oraz powiększono okna. W 1823 miała miejsce kasata zakonu cysterskiego na tutejszych ziemiach, a rok później świątynia otrzymała status katedry poprzez ustanowienie w Pelplinie siedziby diecezji chełmińskiej, która z kolei po reformie w 1992 roku, zmieniła nazwę na pelplińską.
Cały zespół został gruntownie odnowiony i regotyzowany w latach 1894–1899.
Opaci pelplińscy W Pogódkach Gerhard (od 1267)Ludolf (do 1276)
W Pelplinie Wolno obierani Werner (1276-1292)Jan z Byszewa (1292-1298)Henryk z Hadersleben (1298-1305)Gotfryd z Elbląga (1305-1316)Henryk ze Starogardu (1317-1323)Jordan (1323-1329)Albert (1329-1331)Eberhard z Elbląga (1331-1354)Maciej (1354-1368)Piotr z Rogowa/de Roggow (1368)Jan z Langnowa (1386-1402)Piotr Honigfeld (1402-1436)Piotr Bielczyc z Pucka (1436-1440)Mikołaj Engelken (1440-1447)Andrzej z Rosenau (1447-1462)Jan Warnaw (1464-1466)Paweł de Zullen (1466-1471)Sander (1471-1475)Paweł de Zullen (1475-1489)Michał Fischaw (1489-1502)Jerzy Neuburgk z Nowego (1502-1504)Bartłomiej (1504-1522)Jędrzej Stenord z Królewca (1522-1542)Jodok Kron z Malborka (1542-1555)Szymon z Poznania (1555-1557)