Należy do wielu krajowych i międzynarodowych towarzystw i organizacji, m.in.: International Association of Hydrogeologists, Polskiego Towarzystwa Geologicznego, Polskiego Towarzystwa Balneologii i Medycyny Fizykalnej, Stowarzyszenia Inżynierów i Techników Górnictwa, Polskiego Klubu Ekologicznego.
Dorobek naukowy i odznaczenia Wojciech Ciężkowski tworzy naukową szkołę górnictwa wód leczniczych. Głównym kierunkiem jego zainteresowań jest poszukiwanie, eksploatacja i ochrona wód leczniczych Polski, z wykorzystaniem najnowocześniejszych metod badań wód podziemnych, w tym metod znacznikowych ochroną środowiska w zakresie przyrody nieożywionej. Ostatnimi czasy podjął prace w Arktyce. Znaczące wyniki badań uzyskał dzięki współpracy z ośrodkami naukowymi w kraju i za granicą, w tym m.in. z Międzynarodową Agencją Energii Atomowej w Wiedniu. Jest autorem i współautorem ponad 250 prac naukowych, z czego 143 opublikowano (w tym dziewięć książek, sześć pod jego redakcją naukową).