W średniowieczu sądy kościelne wydały wiele wyroków, które dzisiaj uznaje się za niesprawiedliwe. Wraz z pojawieniem się herezji papieże ustanowili podlegające im bezpośrednio sądy kościelne, które nazwano Inkwizycją. Krytycy twierdzą, że heretycy lub osoby posądzone o konszachty z mocami piekielnymi, były torturowane i palone na stosie na mocy wyroków sądów kościelnych. W konflikt z prawem kanonicznym weszło wiele postaci historycznych, które stanęły przed trybunałami Inkwizycji lub sądami biskupimi. Krytycy przypominają wyroki przeciw Galileuszowi, Giordano Bruno oraz Joannie d’Arc.
Apologeci sądów kościelnych twierdzą, że w porównaniu do innych średniowiecznych instytucji sądowniczych, zapewniały one oskarżonym więcej praw, stosując tortury tylko w ostateczności. Herezje stanowiły zagrożenie dla ładu społecznego panującego w średniowiecznej Europie, a sądy kościelne zarówno papieskie jak i biskupie przyczyniały się do sprawiedliwego osądzenia osób podważających powszechnie przyjęte normy.