W wiekach XVII i XVIII Nadarzyn kilkakrotnie zmieniał właścicieli. Od 1678 roku był własnością jezuitów płockich, od 1774 roku należał do rodziny Branickich, a potem Ogińskich.
Miasto intensywnie się rozwijało dzięki korzystnemu położeniu przy kupieckim trakcie częstochowskim, jednej z nielicznych dróg przecinającej wówczas okolice. W niespokojnym schyłku XVIII wieku, kiedy wojska pruskie i rosyjskie okupowały i grabiły tereny polskie, ucierpiał również i Nadarzyn, w okolicach którego odbył się szereg potyczek powstania kościuszkowskiego.
Po trzecim rozbiorze Polski, powiat błoński, w skład którego wchodził wówczas Nadarzyn, znalazł się w obrębie zaboru pruskiego. Od 1807 roku był w Księstwie Warszawskim, a w 1815, w ramach Królestwa Polskiego, pod zaborem rosyjskim.
W 1806 roku z fundacji Tomasza Adama hrabiego Ostrowskiego, herbu Rawicz, senatora, wojewody i prezesa Senatu Królestwa Polskiego, powstał kościół parafialny pod wezwaniem św. Klemensa wzniesiony według projektu architekta Jakuba Kubickiego. W tym samym czasie i w tym samym klasycystycznym stylu, Kubicki zaprojektował zajazd usytuowany w pobliżu kościoła i rynku, a jednocześnie u wylotu głównego traktu w kierunku Warszawy.